Det er blevet diskuteret, om snaphanerne var drevet af en dansk nationalfølelse, eller om man må analysere deres grundlæggende bevæggrunde anderledes. Den svenske tv-serie Snappha­nar fra 2006 er blevet kritiseret for at overføre moderne nationalistiske og regionalistiske op­fattelser til 1600-tallet. De fleste historikere og nationalismeforskere mener også, at en natio­nalisme i vores moderne betydning næppe har eksisteret før 1800-tallet. Men der findes mange eksempler på, at nationale identiteter i en eller anden form har eksisteret langt tidligere, hvilket man kalder en proto-nationalisme. I Danmark og Sverige synes nationale identiteter i en vis form at have eksisteret siden middelalderen. Derimod har disse identiteter ikke altid været helt de samme som senere nationale identiteter, og de er ikke blevet delt af hele befolk­ningen, men ofte kun af mindre elitegrupper.

Den svenske historiker Alf Åberg (1916-2011) hævdede, at den skånske befolknings oprør mod svenskerne i 1658 mere skyldtes en utilfredshed med de nye svenske påbud og skatter end et ønske om at genforenes med Danmark. På samme måde kan den skånske entusiasme for danskerne i 1676 forklares med konkrete misforhold. Den svenske erobring havde afskåret og blokeret de traditionelle skånske handelsforbindelser, hvilket ramte de skånske byer hårdt. De skånelandske bønder ramtes hårdt af lave indtægter i 1670’erne, og de følte desuden trykket af nye svenske skatter og afgifter. Herudover var svenske og hvervede tyske ryttere i 1660’erne blevet indkvarteret hos de skånske bønder, hvor de ofte opførte sig uregerligt. I de skånske stænders klager og skrivelser i begyndelsen af 1670'erne blev den danske tid fordel­agtigt sammenlignet med samtiden. Skånelændingene længtes altså tilbage til en bedre tid. Da der ifølge Åberg også var stærke modsætninger mellem snaphanerne og den bosiddende bondebefolkning under Den Skånske Krig, hvor snaphanerne ofte plyndrede bønderne, mener han, at man heller ikke kan tale om en skånsk kamp mod svenskerne, men snarere om en skånsk borgerkrig baseret på sociale konflikter. Bønderne hjalp, i det mindste mod slutningen af Den Skånske Krig, gerne svenskerne med at bekæmpe snaphanerne, skriver Åberg.

Den danske historiker Knud Fabricius (1875-1967) mente derimod, at loyaliteten over for den danske konge spillede en vigtig rolle for mange af dem, som tilsluttede sig snaphanerne. Og­så andre, som har forsket i emnet, mener at en dansk patriotisme var en virksom bevæggrund, selvom også andre faktorer som eventyrlyst, fattigdom og begærlighed havde betydning. Som et eksempel på, hvad der kan ses som dansk nationalfølelse, citerer forfatteren Tor Flensmarck den skånske friskyttekaptajn Niels Tommesen Tidemand i et brev til svenskerne under Den Skånske Krig:

”Men nu ere vi så stærke, at vi be­frygte os slet ikke for nogle svenske partier, for den skyld, at imod een, som tilforn haver væ­ret under friskytterne, er nu tredobbelt, og håbes til hver dag at blive stærkere, så længe som her er friske folk udi lande, som haver end­nu dansk blod udi sit liv, så der skal mange umyn­dige børn jamre sig og græde udi Sveri­ges rige, så­fremt I ikke handler med vores folk, om I nogle kunne antræffe, eller få tilfange, at vi måtte nyde en krigs­mands ret, og der bekomme dennem til ransonnering.”

I brevet fremhæver han altså snaphanernes voksende styrke og kræver, at svenskerne skal respektere snaphanerne som danske krigsmænd og ikke behandle dem som fredløse.

Selv om man ikke kan tale om en nationalfølelse i moderne betydning, synes svenskernes bestræbelser på at erstatte blandt andet dansk gudstjenesteorden og –sprog med svensk samt andre lignende tiltag i offentlige sammenhænge at have vakt modstand blandt skåningerne. Sammen med manges fortsatte følelse af troskab over for det danske rige og den danske konge kan man måske identificere en slags national eller proto-national modstand mod det svenske herredømme. Det udelukker jo ikke, at andre faktorer også har spillet ind i snap­hanekrigen. Men det er altså et omdiskuteret spørgsmål.