Struensee var med som livlæge på kongens store Europarejse 1768-69. Tilbage i København lykkedes det ham i løbet af kort tid gennem sin indflydelse på kongen at sætte sit præg på de kongelige kabinetsordrer og til sidst at fortrænge de ledende embedsmænd fra statsrådet. Det var muligt, fordi Kongeloven – den danske forfatningslov – ikke havde regler for den situation, at kongen var ude af stand til at styre riget.

Struensees henrettelse på Øster-fælled i april 1772, samtidigt stik. Fra: Det Kgl. Bibliotek

Livlægen og den nye rigsgreve, som Struensees titel blev, havde ingen praktisk erfaring med statsstyre. Men han var optaget af de mange nye franske filosofiske ideer om det gode styre for alle kongens undersåtter. Teorier om frihed og lighed optog ham som mange andre teoretikere ude i Europa på denne tid. Den nye tid var kommet uformidlet og voldsomt til det danske rige. Det resulterede i en række love, der f.eks. indførte bedre sociale forhold, et mildere straffevæsen, lempede censuren og med et hug ændrede bøndernes hoveribestemmelser, så udgangspunktet for hoveriets omfang skulle være fæstegårdenes størrelse og ikke godsernes behov. Ikke mindst hoveriloven fik de fleste godsejere og dermed også de tidligere så indflydelsesrige statsmænd til at vende sig imod Struensee. Også dele af hæren lykkedes det ham at fornærme, da han opløste den københavnske hestegarde.

For denne opposition blev Struensees private forhold en appelsin i turbanen. Fra 1770 havde Struensee stået i et åbent kærlighedsforhold til Christian 7.s unge dronning, Caroline Mathilde (1751-75). Hun var som 15-årig engelsk prinsesse blevet sendt til Danmark for at blive gift med den både af krop og sind så skrøbelige 17-årige danske konge, som ikke ville vide af hende. Så sad hun ene omgivet af det stive etiketteprægede hof uden megen opmuntring. Den lykkelige, men kortsigtede redning blev Struensees ankomst. Han løste op for den stive etikette og indførte liv og glæde ved hoffet. Dronningen havde tidligere fået en søn med Christian 7., men lagde ikke skjul på, at Struensee var far til hendes næste barn. Dette usømmelige forhold blev udnyttet af oppositionen, der ikke havde vanskeligheder med at få enkedronning Juliane Marie og hendes søn, arveprins Frederik, til at stå i spidsen for et oprør. Under et karneval den 16. januar 1772 lykkedes det de sammensvorne under to officerers ledelse at få kongens underskrift på en arrestordre til J.F. Struensee. Sagen blev behandlet af en særlig kommissionsdomstol og endte med, at Struensee blev dømt til døden ved halshugning. Dronningen var straks efter Struensees arrestation blevet sendt til Helsingør, men efter Struensees dom blev hun ekspederet videre til Celle i Nordtyskland. Her døde hun allerede i 1775.

Struensee blev dømt efter Danske Lovs bestemmelse om majestætsfornærmelse. Den kunne bære sagen igennem det juridiske apparat. Men hver af de involverede parter havde i virkeligheden deres egen private dagsorden for at få ham afsat. Så reelt blev Struensee henrettet på grund af den politiske magt, han havde tiltaget sig i Danmark i den psykisk syge Christian 7.s sted, og de alt for moderne love, han udstedte på denne baggrund. Forholdet til dronningen blev brugt som begrundelse for at skaffe ham af vejen.

Struensee i statsfængslet på Kastellet i København. Teksten lyder: Forrige Kongelig Danske Geheime-Kabinets-Minister Greve JOHAN FRIDER: STRUENSEE forestillet og afbildet i hans DYBE FORNEDRELSE da han som Stats-Fange blev indbragt i Citadellet Fridrichshavn d. 17. Jan. 1772. Stats-Fangen Struensee sin Rolle slet har spillet. Og kun udi sin Glands et Veyrlys forestillet. Han de Raqvetter lig, som Gabel stige lod. Steeg høyt udi en Hast; men faldt der han opstod. En Held for Dannemark! det lykkedes ham ikke. At spille Rollen ud. Han spandt paa sig en Strikke, Som vilde have qvalt vor hele Nordens Fryd, Og sat Triumph imod Religion og Dyd. Fra: Det Kgl. Bibliotek